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Text File  |  1995-03-04  |  2.8 KB  |  53 lines
  1. *****************************************************
  2. * PTS EIIA domains phosphorylation sites signatures *
  3. *****************************************************
  4.  
  5. The phosphoenolpyruvate-dependent sugar  phosphotransferase system (PTS) [1,2]
  6. is a major  carbohydrate  transport system  in  bacteria.  The  PTS  catalyzes
  7. the  phosphorylation of  incoming  sugar  substrates  concomitant  with  their
  8. translocation across the cell membrane.    The general mechanism of the PTS is
  9. the  following:  a  phosphoryl   group  from   phosphoenolpyruvate   (PEP)  is
  10. transferred  to  enzyme-I  (EI)  of  PTS  which  in  turn  transfers  it  to a
  11. phosphoryl carrier protein (HPr).  Phospho-HPr  then transfers  the phosphoryl
  12. group  to  a  sugar-specific  permease   which  consists  of  at  least  three
  13. structurally distinct  domains (IIA, IIB, and IIC) [3]  which  can  either  be
  14. fused together  in  a  single  polypeptide chain  or  exist as  two  or  three
  15. interactive chains; which used to be called enzymes II (EII) and III (EIII).
  16.  
  17. The first domain (IIA),  carries  the  first  permease-specific phoshorylation
  18. site, an  histidine which is  phosphorylated by phospho-HPr. The second domain
  19. (IIB) is phosphorylated on a cysteinyl or  histidyl residue,  depending on the
  20. permease, by phospho-IIA. Finally the phosphoryl group is transferred from the
  21. IIB domain to the sugar substrate in a process  that  is  catalyzed by the IIC
  22. domain; this process is  coupled to  the transmembrane transport of the sugar.
  23.  
  24. We have developed two signature patterns  for  the phosphorylation site of the
  25. IIA domains.
  26.  
  27. -Consensus pattern: G-x(2)-[LIVMF](3)-H-[LIVMF]-G-[LIVMF]-x-T-[AV]
  28.                     [H is phosphorylated]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: B. subtilis,
  30.  E. coli,  and S. typhimurium  IIA(Glc),   E. coli IIA(Nag),  E. coli  and  E.
  31.  chrysanthemi IIA(Bgl), E. coli IIA(Scr),  and Streptococcal lactose permeases
  32.  (gene lacS) which contain a C-terminal PTS-like IIA domain.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Consensus pattern: R-[DE]-x(6)-[LIVMF]-G-x(2)-[LIVM]-A-[LIVM]-P-H-[GC]
  36.                     [H is phosphorylated]
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: E. coli,  E.
  38.  faecalis, S.  Aureus  and  S.  carnosus  IIA(Mtl),  E. coli and S.typhimurium
  39.  IIA(Fru), E. coli frvA, and hypothetical IIA-like protein yhbI.
  40. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 12.
  41.  
  42. -Expert(s) to contact by email: Reizer J.
  43.                                 jreizer@ucsd.edu
  44.  
  45. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  46.  
  47. [ 1] Postma P.W., Lengeler J.W., Jacobson G.R.
  48.      Microbiol. Rev. 57:543-594(1993).
  49. [ 2] Meadow N.D., Fox D.K., Roseman S.
  50.      Annu. Rev. Biochem. 59:497-542(1990).
  51. [ 3] Saier M.H. Jr., Reizer J.
  52.      J. Bacteriol. 174:1433-1438(1992).
  53.